Admiraal Karl Dönitz, die met zijn U-boten de geallieerden grote verliezen toebracht, kwam tijdens de Tweede Wereldoorlog vaak in Fort Jutphaas.
Als de Duitsers in 1940 Nederland binnen vallen nemen ze het fort direct in gebruik. De muren kunnen tegen een stootje en het fort ligt centraal. De Duitsers richten er een zend- en ontvangststation in, waarmee de Duitse vloot en met name de onderzeeboten worden gecoördineerd.Voor het radiocontact vanaf het fort gebruiken de militairen een lange, uitschuifbare antennemast.
Admiraal Karl Dönitz, aanvoerder van de U-boten en later commandant van de Kriegsmarine, verblijft regelmatig op het fort om daar de operaties van de Duitse vloot te leiden.Dönitz maakt het de geallieerden met zijn onderzeeboten bijzonder lastig. De Duitsers communiceren in een geheimtaal, de zogeheten Enigma-code. De Amerikanen slagen erin de code te kraken en ontdekken waar Fort Jutphaas voor wordt gebruikt. De Duitsers verlaten daarom het fort in 1943, maar storten eerst nog een groot betonnen blok op de radiozender, dat er tot op de dag van vandaag niet af te krijgen is.Hoewel het fort al verlaten is gooien de Engelsen er toch nog een bom op. De schade blijft relatief beperkt, waardoor het bouwwerk na de Tweede Wereldoorlog in goede staat kan worden hersteld.
Als Adolf Hitler zelfmoord pleegt wordt Dönitz zijn opvolger. Van 1 mei tot 23 mei 1945 is hij president van Duitsland en onder zijn leiding capituleren de nazi’s. Dönitz wordt veroordeeld tot tien jaar gevangenisstraf voor zijn aandeel in de oorlog.De Nieuwe Hollandse Waterlinie heeft haar militaire functie dan inmiddels verloren. Het ministerie van Defensie wordt eigenaar van het fort en gebruikt het aanvankelijk als munitieopslagplaats. Het komt in 1951 in het bezit van de toenmalige gemeente Jutphaas, die het fort leeg laat staan. In 1953 wordt de binnengracht rond het wachthuis gedempt.
